“Hasta el día de hoy perdura ese conflicto en la iglesia que se fundó en aquella era de los conquistadores. Por haber llegado a estas playas bajo el signo de la espada, ciertos elementos dentro de ella se creen en la obligación de continuar bajo ese signo, y seguir acomodando el evangelio a los deseos y conveniencias de quienes detentan el poder. Pero por haber nacido bajo el signo de la cruz, hay en esa misma iglesia quienes insisten en la necesidad de colocar todas las estructuras del poder humano bajo el juicio de la cruz”.
Esta tensión se refleja claramente en la forma como los indígenas asumieron sus rituales religiosos antiguos a escondidas de los conquistadores y la falsedad de su aceptación a las enseñanzas de los misioneros venidos de España; pues se sintieron vulnerados en sus derechos y no entendieron cuáles eran los motivos para dejar de adorar a sus dioses. Esta imposición social destruyó su estructura jerárquica y organizacional, ya que como cualquier pueblo, sus relaciones sociales giraron en torno a su fe, tal como lo expresa Justo González:
“Todo esto sin embargo, no fue únicamente producto de la era de los conquistadores. Desde mucho antes se había ido preparando el camino para semejante interpretación de los acontecimientos. Cuando en el siglo IV comenzó a desarrollarse la teología oficial del Imperio Romano, que tendía a excluir de la proclamación cristiana la necesidad de justicia en las estructuras sociales, y les daba especial autoridad en la iglesia a los poderosos del orden social, se comenzó a preparar la tragedia de la era de los conquistadores. De hecho, éstos no hicieron más que aplicarle a la nueva situación creada por los descubrimientos el modo de entender la fe cristiana, y la misión evangelizadora, que se había creado a través de los siglos para beneplácito de los poderosos”
Artículo 6.- La religión Católica Apostólica Romana es la religión de la República.
Artículo 7.- Es un deber del Gobierno, en ejercicio del patronato de la iglesia colombiana, protegerla y no tolerar el culto público de ningún otra.
Se puede observar que la Constitución Bolivariana legalizó los privilegios de protección a la Iglesia Católica que hasta el momento eran derechos consuetudinarios aceptados por la comunidad y afianzó la prohibición de otros credos o cultos religiosos. Esta posición permaneció hasta 1843, con una pequeña apertura de permitir otros cultos, sin que esto amenazara los privilegios religiosos que poseía la Iglesia Católica. En este período ya se dan indicios de libertad de conciencia religiosa, pero dicho logro no duró mucho tiempo debido al desmoronamiento de la Gran Colombia y la re-estructuración de la Nueva Granada que en su Carta Magna renovó los privilegios de protección a la Iglesia Católica y no dio espacio para las otras confesione
Hasta la constitución de 1991, el cristianismo católico era la religión oficial del Estado, el país estaba consagrado al Sagrado Corazón de Jesús y de manera recurrente los periodistas y columnistas de opinión usan ese hecho para referirse al "país del Sagrado Corazón".
Hoy se ha abierto la posibilidad para una gran diversidad de creencias, incluida la actividad de los ateos que en el año 2001 realizaron, en Bogotá, el Primer Congreso Mundial de Ateos